Het Hof van Justitie EU heeft eerder dit jaar in reactie op prejudiciële vragen van Hof Amsterdam geoordeeld dat het Nederlandse regime van de fiscale eenheid in de vennootschapsbelasting op onderdelen tekort schiet. De vragen van Hof Amsterdam betroffen de onmogelijkheid om een fiscale eenheid te vormen tussen een moedermaatschappij en een kleindochtermaatschappij wanneer de tussenliggende dochtermaatschappij in het buitenland is gevestigd. Het Hof van Justitie EU is van oordeel dat ook een fiscale eenheid tussen in Nederland gevestigde zustermaatschappijen mogelijk moet zijn als de moedermaatschappij in het buitenland is gevestigd. Hof Amsterdam heeft in een drietal uitspraken aansluiting gezocht bij het oordeel van het Hof van Justitie EU.

De staatssecretaris van Financiën heeft naar aanleiding van de jurisprudentie van het Hof van Justitie EU en de uitspraken van Hof Amsterdam het besluit fiscale eenheid vennootschap gewijzigd. Vooruitlopend op wijziging van de wet heeft de staatssecretaris goedgekeurd dat een fiscale eenheid tussen zustermaatschappijen via een topmaatschappij of een fiscale eenheid via een of meer tussenmaatschappijen mogelijk is. De fiscale eenheid bestaat dan uit de in Nederland gevestigde maatschappijen waarbij een top- of tussenmaatschappij geen deel uitmaakt van die fiscale eenheid.
Als twee of meer in Nederland gevestigde zustermaatschappijen van een topmaatschappij worden gevoegd, moeten zij in het verzoek aangeven welke maatschappij als moedermaatschappij en welke als dochtermaatschappij wordt aangemerkt. Het is niet mogelijk om een maatschappij als moedermaatschappij te kiezen als een van de andere maatschappijen in de fiscale eenheid aandeelhouder is van die maatschappij.

Als een fiscale eenheid tot stand komt via een niet opgenomen tussenmaatschappij valt het belang in die tussenmaatschappij onder de deelnemingsvrijstelling.